导演：金·曼纳斯 

主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬 

继续延续上一季的剧情，本来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉通同好来骗当局高层，以潜入一个“作为一个普通FBI出格捕快不该进入的处所”汇集需要的资料。本季成长越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人结合起来抵当殖平易近阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但本年却呈现了她的孩子——艾蜜莉。本年建造小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集脚本。别的本年也有一集喜剧。整出X档案为了共同电影的上映，插手了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越较着，穆德再一次接近事实的本相。穆德前女友的呈现也对穆德与史考莉间的关系做出重年夜考验。该季结束于抽烟人烧毁了所有X档案卷宗。